合成肽表位作图法

　　在这种方法中，需合成一系列末端相互重叠的肽链，每段都对应于蛋白抗原线状序列中的一小段，并将它们排列于固相上。用检测抗体识别这些固相肽链，与之结合的特异性抗体，采用酶标记的二抗检测。这种方法快速、成功率高。如果使用的抗体在免疫印迹反应中效果较好，此法所得结果清晰，并能识别那些耐变性的蛋白表位。在实际实验中并非所有的抗体均能很好的反应，抗体仅对那些具有耐变性特性的蛋白质反应较好。

　　系列肽链的设计

　　如果时间和经费都允许，合适的肽链应该最大可能地覆盖所要作图的表位(每段肽链15～20个氨基酸)，而且每段肽链递增1个氨基酸。这样的系列将能对大多数抗体精确地作图。因此，必须用500条肽链才能覆盖具有500个氨基酸的蛋白质。较为实际的做法是设计15个氨基酸长，相互具有5个氨基酸重叠，或者 20个氨基酸长，相互具有10个氨基酸重叠的系列肽链。如此则只需要100条15个氨基酸的肽链序列或者50条20个氨基酸的肽链序列。如果基因片段分析已经确定表位在100个氨基酸以内，那么，就应建立15—20个氨基酸的肽链库。

　　羧基末端的设计：如果要设计一套肽扫描系列，其中包括有该蛋白抗原的远端羧基末端，最好设计2个较短的针对羧基端的肽链，因为某些抗体可以识别肽链游离的羧基。